Kademe eğitiminden mezun olanların ve lisansüstü düzeyde eğitim alanların başvurabildiği atölyelerdir. Her biri alanında uzman hocaların gözetiminde kurulan atölyelerde kademe eğitimini tamamlayanların ve lisansüstü öğrencilerin akademisyenlerle buluşarak odak bir konu üzerinden somut eserler üretmesi beklenmektedir. Her bir atölye belirli sayıda öğrenci ile sınırlandırılmıştır. On hafta süren atölyeler ile öğrencilerin belirli alanlarda uzmanlık kazanması ve bu alanlarda eserler üretmesi beklenmektedir. 2022 Bahar dönemi itibariyle Ahlak Psikolojisi, İslam Siyaset Düşüncesi, Türk Evi, Kavram Geliştirme, Çağdaş Dünyada Müslüman Düşünce atölyelerine öğrenci alımları başlamıştır. Atölyelere gerektiğinde dışarıdan misafir öğrenciler dahil edilebilmektedir. Burada üretilen çıktıların müstakil kitap olarak yayınlanması ve İDM bünyesindeki araştırma merkezleriyle paylaşılarak projelendirilmesi amaçlanmaktadır.